Najnovejši v zgodbi Zonde in Huayre je Huayra R, namenjena dirkaškim stezam. V osnovi avto ni videti bistveno drugačen od običajne Huayre, ima pa cel kup nadgradenj in drugačnih delov, vključno s posebnim V12 motorjem.

Ta izvira od Mercedesa, ki italijanskemu butičnemu proizvajalcu dobavlja 6-litrske V12, za potrebe R pa se je Pagani povezal še s HWA, Mercedesovo dirkaško divizijo, ki je motor navila na 625 kW (850 KM) in 750 Nm navora. Rdeča črtica je pri 9000 vrtljajih, kar pomeni, da od avtomobila prihajajo peklenski zvoki inferna.

Za to je Pagani namenil poseben Inconelov izpušni sistem s cevjo od prav vsakega kolektorja. Na koncu so dušilci, ki zagotovijo, da se vse skupaj dere pod legalno jakostjo, ki jo predpisuje FIA in je 100 dB.

Moč se na zadnji kolesni par prenaša prek 6-stopenjskega sekvenčnega menjalnika. Na zadku sta dve aktivni krilci, ki pomagata pri aerodinamiki, skupno pa avto ustvarja kar 1000 kilogramov pritiska k tlom pri 320 km/h. Masa praznega avta je 1050 kilogramov.

Pagani bo naredil le 30 primerkov, vsak pa stane 2,6 milijona evrov.