CLE 646 Spezialanfertigung je cestno legalni dvosed, namenjen predvsem dirkališču, nastal pa je kot interni projekt manjše skupine AMG-jevih inženirjev in ne kot običajna posebna serija. Največja sprememba se skriva pod pokrovom. Štirilitrski V8 biturbo M177 EVO razvije 475 kW (646 KM) in 850 Nm, uporablja ročično gred flat-plane, ki zaradi manjših vrtečih se mas omogoča hitrejše pridobivanje vrtljajev in neposrednejši odziv motorja na plin, moč pa se namesto na vsa štiri kolesa prenaša izključno na zadnji par. AMG je odstranil celoten sistem 4MATIC+ in dodal elektronsko nadzorovano zaporo zadnjega diferenciala.

CLE je ob tem shujšal za približno 170 kilogramov. Odstranili so zadnje sedeže, del zvočne izolacije in številne komfortne sisteme, veliko karoserijskih delov pa izdelali iz ogljikovih vlaken. Avto ima celo polikarbonatna zadnja stekla, varnostni lok in dirkaške školjkaste sedeže. Končna masa je 1895 kilogramov.

Karoserija je spredaj in zadaj širša za 60 milimetrov, podvozje z nastavljivimi blažilniki je AMG razvil skupaj s KW, spredaj pa so kar 305, zadaj 335 milimetrov široke pnevmatike. Aerodinamika vključuje ročno nastavljiva sprednji difuzor in zadnje krilo, celoten paket pa pri največji hitrosti ustvari več kot 250 kilogramov potiska k tlom. Do 100 km/h potrebuje 3,9 sekunde, do 200 km/h 11,4 sekunde, največja hitrost pa znaša 310 km/h. Zanimivo je, da AMG pri njem ni lovil predvsem brutalnega pospeška, temveč čim bolj neposredno obnašanje na stezi – celo sistem proti zdrsu pogonskih koles je mogoče ob izključenem ESP nastavljati v devetih stopnjah.

Vsakega od 30 primerkov bodo ročno predelali v Affalterbachu. CLE 646 Spezialanfertigung je šele drugi avtomobil Mercedesove zbirateljske serije Mythos, a kupcev jim očitno ni bilo treba iskati – celotna serija je bila razprodana, še preden so avtomobil sploh uradno pokazali javnosti.